Baiah talak tiga

Pada November 2009, Khalid menyatakan wujudkan baiah talak tiga dalam PAS tetapi dinafikan oleh Setiausaha Agung Pas, Datuk Mustafa Ali.[1]

Saman terhadap JAIS

Pada 6 November 2009, beliau sedang mempertimbangkan untuk mengambil tindakan saman malu terhadap Jabatan Agama Islam Selangor (Jais) yang mendakwa beliau mempunyai "rekod jenayah" berdasarkan surat makluman polis Selangor sebelum ini yang menyatakan beliau mempunyai rekod sedemikian. Tambahnya, pengarah jabatan tersebut Dato' Mohammed Khusrin bin Haji Munawi juga berdolak-dalik ketika diminta menjelaskan sebab tauliahnya ditolak tahun lalu.[2]

Pada 8 September 2011, Majlis Agama Islam Selangor (MAIS) melalui pengerusinya, Datuk Setia Mohamad Adzib Mohd Isa menolak rayuan Khalid yang memohon sambung tauliah beliau melalui mesyuarat Jawatankuasa tauliah MAIS yang bersidang pada 23 Jun 2011. Oleh itu MAIS tidak membenarkan ahli parlimen Shah Alam, Khalid Samad membuat apa-apa penyampaian agama di masjid dan surau di seluruh Selangor kerana tidak mendapat tauliah termasuklah tazkirah, ceramah, kuliah dan apa-apa pengisian agama selaras dengan perkenan DYMM Sultan Selangor untuk tidak memberi tauliah mengajar atau berceramah mengenai agama Islam kepada mana-mana ahli politik terutama di masjid dan surau di Selangor. Khalid didakwa bawah Seksyen 119 Enakmen Pentadbiran Agama Islam Selangor dan jika sabit kesalahan boleh didenda RM3,000 atau dua tahun penjara atau kedua-duanya sekali. Pada 6 September 2011, Khalid melanggar peraturan permit apabila memberi ceramah di surau Taman Seri Sementa, Kapar, Klang. Ekoran itu beliau akan dibicarakan pada 24 November 2011 di Mahkamah Syariah Klang.[3]

Pertelagahan dengan YB Zulkifli Noordin

Pada 13 Mac 2010, beliau mencabar YB Zulkifli Noordin berdebat bagi mencari kebenaran dan membuktikan hujah siapa yang bertepatan dengan pandangan agama berhubung isu kalimah Allah yang mempertembungkan mereka berdua.[4] Akhirnya mereka akan bertembung dalam pilihan raya umum ke-13 apabila Zulkifli dipilih Barisan Nasional untuk mencabar kerusi parlimen Shah Alam Khalid.[5]

Bible berbahasa Melayu

Pada 26 Jun 2014, Khalid menggesa Enakmen Undang-Undang Islam di Pentadbiran (Enakmen No 3, 1952) dan Enakmen Pentadbiran Agama Islam 2003 dikaji semula.Cadangan itu selepas Mais gagal mematuhi keputusan Peguam Negara agar menyerahkan kembali Bible berbahasa Melayu dan Iban oleh Jabatan Agama Islam Selangor (Jais) kepada Persatuan Bible Malaysia.

Pada 15 Julai 2014, Sultan Selangor, Sultan Sharafuddin Idris Shah murka dengan Khalid Samad kerana mempersoalkan kuasa eksekutif Majlis Agama Islam Selangor (Mais) dan mencadangkan kuasa itu ditarik balik. Baginda turut memberi amaran kepadanya supaya lebih berhati-hati dalam mengeluarkan kenyataan pada masa depan. Khalid jangan menunjukkan sikap biadap dan jahil beliau membicarakan isu berkaitan dengan kuasa Sultan dan peranan Mais di dalam menasihati Sultan mengenai agama Islam[6]

Pada 26 Ogos 2014, Khalid Abdul Samad didakwa di Mahkamah Sesyen Kuala Lumpur, Jalan Duta atas tuduhan mengeluarkan pernyataan berbaur hasutan berhubung kuasa eksekutif MAIS dalam satu sidang akhbar di lobi Parlimen, 17 Jun 2014. Bagaimanapun Khalid Samad mengaku tidak bersalah. Hakim Mahkamah Sesyen Aswarnida Affandi menetapkan jaminan untuk Khalid sebanyak RM4,000 dengan seorang penjamin dan menetapkan 22 September 2014 untuk sebutan kes. Pertuduhan mengikut Seksyen 4 (1) (b) Akta Hasutan yang membawa hukuman denda maksimum RM 5,000 atau penjara maksimum tiga tahun, atau kedua-duanya.Beliau boleh hilang kelayakan sebagai ahli Parlimen jika didapati bersalah dan didenda lebih daripada RM 2,000 atau penjara lebih setahun. [7] Semasa keluar dari Mahkamah, sekumpulan pemuda Melayu 15 orang telah meludah tetapi terkena pada Ahli Parlimen Kuala Terengganu, Raja Kamarul Bahrin Shah Raja Ahmad, seorang kerabat diraja Terengganu.[8] [9]

Sistem Raja Berperlembagaan

Pada 21 Ogos 2014, Khalid Samad menyatakan bahawa sultan tidak sepatutnya diberi hak mutlak melantik menteri besar kerana sistem yang menjadi amalan di negara ini adalah sistem raja berperlembagaan. Komuniti netizen menyatakan kuasa mutlak kepada Sultan bercanggah dengan sistem raja berperlembagaan. Pengguna Internet, ahli akademik dan Tun Dr Mahathir Mohamad turut mempunyai pandangan yang sama. Pakatan Rakyat memutuskan menghantar nama Presiden PKR Datuk Seri Dr Wan Azizah Wan Ismail sebagai calon menteri besar menggantikan Tan Sri Abdul Khalid Ibrahim. Sebelum itu PAS mencalonkan dua nama iaitu Dr Wan Azizah dan Timbalan Presiden PKR Mohamed Azmin Ali. [10]